卡耐基梅隆大学计算生物学理学硕士项目为综合项目，助力于运用现代计算机科学、统计学、数学方法探索生物学与生物医学问题。卡耐基梅隆大学计算生物学理学硕士项目面向想要直接到产业部门工作，或想要探索计算生物学但不想继续读博的学生。此外，计算生物学尚为新兴的交叉学科，想要在此领域提升技巧与实践能力的其他专业人士也可申请该项目。除了课程学习，学生还可以进行研究项目。卡耐基梅隆大学计算生物学理学硕士项目鼓励学生在第二学年积极参加实习。