耶鲁大学环境工程专业课程强调采用多学科方法解决环境问题。该课程的研究和教学侧重于对环境工程和科学问题涉及的基本化学、物理和生物过程的基本理解。研究专业领域包括：水质控制的物理和化学过程；水生和环境化学；环境中化学物质的运输和归宿；良性替代化学品和材料的评估；环境工程微生物学等等。课程规模相对较小，促进了学生与教师之间的密切互动，每个学生在与教师顾问协商后都将单独安排学习和研究课程。