卡耐基梅隆大学的生物医学工程硕士项目开设了一系列生物医学工程领域的课程，课程设置具有相当大的灵活性，来适应学生不同的兴趣、教育背景和职业规划。该项目的学生需从以下五个领域中至少选择三个进行修读：生理学和细胞/分子生物学（physiology and cellular/molecular biology）、生物材料和组织工程（biomaterials and tissue engineering）、生物力学（biomechanics）、生物医学成像和生物信息学（biomedical imaging and bioinformatics）、神经工程（neuroengineering）。