塔夫斯大学的生物工程硕士项目由两个部分组成：一是跨学科的核心课程，包括一门除了学生选择的附属专业（sub-specialty）以外的课程，以拓展学生生物工程知识的广度；二是学生所选择的分支的课程。该项目共有六个分支：生物信息学（Bioinformatics）、生物材料（Biomaterials）、生物力学系统和设备（Biomechanical Systems and Devices）、细胞与生物过程工程学（Cell and Bioprocess Engineering）、环境生物技术（Environmental Biotechnology）、信号与系统（Signals and Systems）。