香港城市大学应用物理学硕士开设在理学院下的物理系，全日制为期一年，学费162000港币。项目提供生物医学物理、能源材料物理及高等物理三个方向，开设的课程紧扣相关就业市场所需技能。除进一步加深本科物理知识外，更着重培养学生将物理原理及知识应用于解决相关职业的实际问题，此课程适合有志于香港、中国大陆和其他东南亚地区从事医疗技术、电子、可再生能源等领域的工程师/研究人员修读。除了拓展和加强学生的就业技能外，本专业亦有助学生于物理、材料科学、电子工程和机械工程等领域申请及攻读博士学位。