通常我们习惯将生物工程(BE)和生物医学工程(BME)混为一谈，事实上从很多大学的院系设置也会看到，二者是相通的，研究方向会有很多重合，只不过院系名称不同而已。但从原则上讲，二者是有区别的。二者的侧重点不同。生物工程是涉及医疗、制药、食品、农业、环保、轻工等有关人类衣食住行各个行业的新兴工程领域，是运用生物学、化学和工程学等学科相结合的方法，利用生物体生产人类需要的产品，改造生态系统和环境的应用技术体系。它覆盖基因工程，生物信息学，生物反应器工程，生物分离工程，生物技术制药，农业及海洋生物工程，医用生物工程和生物工程管理。由此可以看出，生物医学工程是包含在生物工程里的，只不过现代医学研究的快速发展，使大家更为关注医疗健康，故生物医学工程专业的关注度会更高一些。